Συλλογή Λίθινων
Η Συλλογή περιλαμβάνει περίπου 4500 αντικείμενα/μνημεία. Με εξαίρεση ελάχιστα αντικείμενα της προϊστορικής εποχής, τα έργα της Συλλογής χρονολογούνται από τον 6ο αι. π.Χ. έως και την ύστερη αρχαιότητα. Τα έργα αυτά αποτελούν δείγματα παραγωγής κυρίως των τοπικών εργαστηρίων γλυπτικής, ενώ πολλά είναι εισαγωγές από την Αττική και δημιουργίες άλλων καλλιτεχνικών εργαστηρίων του βορειοελλαδικού καθώς και του μικρασιατικού χώρου. Η Συλλογή περιλαμβάνει αρχιτεκτονικά μέλη, τμήματα γλυπτής διακόσμησης κτηρίων, βωμούς, σαρκοφάγους, ανάγλυφα, αγάλματα, αυτοκρατορικά και ιδιωτικά πορτρέτα, εικονιστικούς ανδριάντες από τη Θεσσαλονίκη και περιοχές της Μακεδονίας. Μεγάλο μέρος της Συλλογής Λίθινων συνιστούν και οι επιγραφές, οι οποίες απαντούν και σε μνημεία με ανάγλυφες παραστάσεις. Επίσης, η Συλλογή περιλαμβάνει και λίθινα αντικείμενα εργαστηριακού χαρακτήρα σε πρώτη ή δεύτερη χρήση. Στη Συλλογή εντάσσονται και σύγχρονα ακριβή αντίγραφα μεμονωμένων λίθινων μνημείων. Ανάμεσά τους είναι και τα αντίγραφα των αμφίγλυφων πεσσών του ρωμαϊκού μνημείου γνωστού ως Incantadas (=Μαγεμένες) ή Στοά των Ειδώλων, οι οποίοι μαζί με αρχιτεκτονικά μέλη του μνημείου βρίσκονται από τον 19ο αιώνα στο Λούβρο. Τέλος, στη Συλλογή ανήκει μικρός αριθμός μνημείων της οθωμανικής περιόδου, περιλαμβάνοντας κυρίως επιγραφές στην οθωμανική και την εβραϊκή γλώσσα.