Η Συλλογή περιλαμβάνει μερικά τεύχη περιοδικών σε φωτοαντίγραφα, κυρίως φοιτητικών και σπουδαστικών (27 τίτλοι), καθώς και ορισμένα άρθρα από ανάλογα δελτία και περιοδικά (επίσης σε φωτοαντίγραφα), τα οποία συγκέντρωσε η φιλόλογος Καίτη Τοπάλη στο πλαίσιο των ερευνών της για τα νεανικά περιοδικά της δεκαετίας του ’60.
Η συλλογή περιλαμβάνει δύο φακέλους με σημαντικά στοιχεία από τα φεστιβάλ Κοριτσιών Μακεδονίας και την Επιτροπή Κοριτσιών της ΔΝΛ, τεκμήρια του Αγροτικού Γραφείου του Κ.Σ. της ΔΝΛ και της Κίνησης Νέων “Οι Φίλοι του Χωριού”, ομιλίες, αποκόμματα τύπου για τη δολοφονία του Γρ. Λαμπράκη και τις δίκες αγωνιστών του ΠΑΜ, πρακτικά της δίκης 7 στελεχών της Σπουδάζουσας Ν.ΕΔΑ Θεσσαλονίκης το 1961 και χειρόγραφο ημερολόγιο-λεύκωμα μαθήτριας Λαμπράκισσας για την ειρήνη και τη δημοκρατία (φωτοαντίγραφο).
H συλλογή του Παύλου Καλλιγά αποτελείται από 2.298 τόμους νομικού κυρίως ενδιαφέροντος κάποιοι από τους οποίους είναι σπάνιες εκδόσεις.
Συλλογή Καλογερά: αλληλογραφία προσωπική, καρτ-ποστάλ, προσκλήσεις, οικογενειακά ενθύμια.
Συλλογή παλιού καταδυτικού εξοπλισμού μουσειακού χαρακτήρα. Μεταξύ των αντικειμένων ξεχωρίζουν οι 2 θάλαμοι επανασυμπίεσης, καθώς και το παλιότερο από τα αντικείμενα, η χειροκίνητη αντλία παροχής αέρα σε σκάφανδρο με ημερομηνία κατασκευής το 1942.
Η συλλογή (α΄ κατάθεση) περιλαμβάνει υλικό που σχετίζεται κυρίως με τη συμμετοχή της Κατερίνας Στεφάνου στον Ρήγα Φεραίο, τον “Δημοκρατικό Αγώνα” και το ΚΚΕ Εσ. στα Γιάννινα και στην Αθήνα.
Μικρά συλλογή ιστορικών εγγράφων περιεχομένων σε έξι (6) φακέλους: 1. Φάκελος ιστορικών στοιχείων ετών 1940-1941 και 1941-1945 (Πόλεμος - Ομάδες Εθνικής Αντίστασης - Εθνικοκοινωφελής δράσις), 2. Φάκελος Εχθρικής κατοχής 1941-1944, 3. Φάκελος Συμβολής Στρατού, Σωμάτων Ασφαλείας 1944-1950, 4. Φάκελος Αντισυμμοριακού Αγώνα, 1944-1949, 5. Φάκελος Ξένης Bοήθειας (Σχέδιο Μάρσαλ) 1944-1950, 6. Φάκελος ιστορικών γεγονότων τοπικής σημασίας 1941-1945.
Φορεσιές, πίνακες,, χάρτες, όπλα, προσωπικά αντικείμενα, εκκλησιαστικά κειμήλια, φωτογραφίες, στρατιωτικά αντικείμενα, αγροτικά εργαλεία, έγγραφα κλπ.
Έκθεση υλικού προερχόμενου από τη Μικρά Ασία και τη Νέα Ιωνία Αττικής, διαρθρωμένη στις ακόλουθες ενότητες: - Ιστορία - Λαογραφία - Υφαντουργία και Ταπητουργία - Ιστορικό αρχείο Νέας Ιωνίας: Έγγραφα, πρακτικά, εφημερίδες, μπροσούρες, κείμενα, προκηρύξεις, φωτογραφίες και άλλο αρχειακό υλικό, που αναφέρονται σε σημαντικά θέματα της Ιστορίας της Νέας Ιωνίας, από την ίδρυσή της μέχρι σήμερα.
Στη Συλλογή Κεραμικής περιλαμβάνονται όλα τα αρχαία αντικείμενα που είναι κατασκευασμένα από πηλό, κυρίως αγγεία και ειδώλια. Σε αυτά αντιπροσωπεύονται όλες οι περίοδοι των προϊστορικών και ιστορικών χρόνων μέχρι και την ύστερη ρωμαϊκή εποχή. Στο σύνολο συγκαταλέγονται τόσο προϊόντα των δραστήριων τοπικών εργαστηρίων όσο και αντικείμενα εισαγμένα από τα μεγάλα κέντρα παραγωγής του ελλαδικού χώρου (Αττική, Κόρινθο, Βοιωτία, βορειοανατολικό Αιγαίο, Ιωνία) και, σπανιότερα, από άλλες περιοχές της ανατολικής και δυτικής Μεσογείου, τα οποία καταδεικνύουν τις στενές εμπορικές σχέσεις που είχαν αναπτυχθεί ανάμεσα σε διαφορετικές περιοχές του Αιγαίου και όχι μόνο.
Περιέχει 1660 προπλάσματα αφροδισίων και δερματικών νόσων (π.χ. λέπρα, εξανθήματα κ.λπ.) τα οποία κατασκευάσθηκαν από τον καθηγητή Ιατρικής Γεώργιο Θ. Φωτεινό αρχικά και από ειδικά εκπαιδευμένους τεχνίτες αργότερα.Βρισκόμενος στο Παρίσι ο Γ.Θ. Φωτεινός για σπουδές (1902-1905) θέλησε να εκπαιδευθεί ο ίδιος επί πλέον και στην κατασκευή προπλασμάτων, κατανοώντας τη μεγάλη σημασία της οπτικής εικόνας και της οπτικής μνήμης στην διδασκαλία και στην εκμάθηση της Δερματολογίας Αφροδισιολογίας με την τεράστια ποικιλία μορφολογικών παραλλαγών Απέδιδε και ορθά, μεγάλη σημασία στην ακριβή απεικόνιση του αντικειμένου. Για την επιτυχία στην εκπαίδευση αυτή χρειαζόταν συνδυασμός ιατρικής γνώσης, ειδικής τεχνικής εκπαίδευσης και ταλέντου, ίσως και πείσμα. Το τελευταίο χρειάστηκε στον Καθηγητή Γ.Θ. Φωτεινό, γιατί ο περίφημος Βαreta, κατασκευαστής των προπλασμάτων του Μουσείου St. Louis των Παρισίων αρνήθηκε με επιμονή να τον βοηθήσει στην εκπαίδευσή του αυτή. Στο Βερολίνο όμως, όπου μετέβη αργότερα, έπεισε, με την υποστήριξη του Καθηγητού Lassar τον κατασκευαστή προπλασμάτων του Μουσείου της Πανεπιστημιακής Κλινικής του Βερολίνου, γλύπτη Kasten, να αναλάβει αποτελεσματικά την διδασκαλία του στο πεδίο αυτό. Στο VII Διεθνές Συνέδριο Δερματολογίας (Ρώμη 1912), παρουσίασε 24 προπλάσματα που αφορούσαν κυρίως αποτελέσματα θεραπείας με αρσενικό. Τότε σχεδόν άρχισε να εφαρμόζεται το φάρμακο αυτό. Ο καθηγητής Γ.Θ. Φωτεινός εδώρησε το 1913 στην Στρατιωτική Σχολή των Παρισίων Val-de-Grace (Διευθυντής Μ. Mignon) μετά από παράκληση του αρχιάτρου Αnand - αρχηγού της στρατιωτικής υγειονομικής αποστολής στην Ελλάδα - 6 - προπλάσματα που αφορούσαν μαχητές-στρατιώτες της πολιορκίας του Μπιζανίου με κρυοπαγήματα, τραύματα κλπ. Τούτα εξετέθηκαν μόνιμα στο μουσείο της παραπάνω Σχολής. Συνέγραψε επίσης το 1907 πραγματεία με τίτλο: “Die Bedeutung νon Wachsabdrucken (moulages) fur Dermatologie υnd Syphilis nebst einer ausfurlichen Beschreibung ihner Herstellung” που αναφερόταν στην θεωρία και στην πράξη της κατασκευής προπλασμάτων.
Συλλογή Κεφαλληνιάδη: φωτοαντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων του Προξένου Germano Coronello από Νάξο και Πάρο (Αναπαραγωγές από τα Archives de la Chambre de Commerce de Marseille, 1696-1781), φωτοαντίγραφα εγγράφων και επιστολών σχετικών με την υπόθεση του Ολλανδού γιατρού Antoine Kockaert εγκατεστημένου στη Νάξο.
Η Συλλογή Κλασικής Αρχαιολογίας περιλαμβάνει αγγεία και όστρακα αγγείων της Αρχαϊκής έως και της Αυτοκρατορικής εποχής από την Αττική, σειρά κοροπλαστικών έργων από την Αττική, την Αργολίδα κ.ά., πήλινους αγωγούς υδραγωγείου, περιστόμια φρεάτων κ.λ.π. Σημαντικό μέρος της Συλλογής (αγγεία, όστρακα, ειδώλια, οψιανοί, περίπτα κτλ.) αποτελεί δωρεά των κληρονόμων Εμπεδοκλέους.
Συλλογή Κλεονίκης Δεπάστα: φωτοαντίγραφα αίτησης που υπέβαλε η οικογένεια της Κλεονίκης, χήρας Π. Δεπάστα, για να αποκατασταθεί ο γιος της, δημοσιογράφος Τίμος Δεπάστας, που είχε διωχθεί από την κυβέρνηση Βενιζέλου το διάστημα 1917-1920.