Τα αρχαιολογικά εκθέματα προέρχονται από διάφορες περιοχές των Χανίων και συνθέτουν την πολιτισμική ιστορία του νομού από την τελική νεολιθική περίοδο έως την ρωμαϊκή εποχή. Η έκθεση διακρίνεται σε δύο χρονικές ενότητες. Η πρώτη περιλαμβάνει ευρήματα των προϊστορικών χρόνων (4η έως και 2η χιλιετία π.Χ.) και η δεύτερη των ιστορικών χρόνων (1η χιλιετία π.Χ. έως τον 4ο αιώνα μ.Χ.).
Η συλλογή περιλαμβάνει αρχαία αντικείμενα που βρέθηκαν στον χερσαίο χώρο της Αλοννήσου και στον βυθό των Β. Σποράδων. Η συλλογή είναι καταγεγραμμένη από το Υπουργείο Πολιτισμού.
Ημερολόγια ανασκαφών, Ευρετήρια, Σχέδια, Φωτογραφίες, Διαφάνιες
Φάκελος Χαρ. Κ. Βοζίκη, δικηγόρου, περιέχων εμπορική αλληλογραφία Αυγερινού Αβέρωφ με Αλεξάνδρεια και οίκο Γ. Σκουζέ.
Συλλογή Γεώργιου Γεωργοπούλου: συγχαρητήριες επιστολές από σημαίνοντα πρόσωπα για το συγγραφικό του έργο.
Η σχετική με τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο και το Ολοκαύτωμα συλλογή του Εβραϊκού Μουσείου περιλαμβάνει σπάνια ιστορικά έγγραφα, αρχειακό υλικό, μαρτυρίες, εφημερίδες, περιοδικά, προσωπικά αντικείμενα από την περίοδο της κατοχής και στολές από τα στρατόπεδα συγκέντρωσης.
Η Βιβλιοθήκη Βερναρδάκη, αποτελεί σήμερα ιδιαίτερη συλλογή της Δ.Κ.Β. Μυτιλήνης και αριθμεί περίπου 3000 τίτλους σπάνιων και πολύτιμων βιβλίων, όπου μεταξύ άλλων περιλαμβάνονται βιβλία κλασικής φιλολογίας, οι πρώτες μελέτες και διδακτορικές διατριβές από Πανεπιστήμια της Γερμανίας για Αρχαίους Έλληνες συγγραφείς καθώς και λεξικά εκδόσεων Λειψίας, Βενετίας, Παρισίων, Οδησσού κ.λπ., που χρονολογούνται από το 16ο έως τις αρχές του 20ού αιώνα. Στη συλλογή περιλαμβάνονται και βιβλία με θεατρικά έργα, αφού η συμβολή του Βερναρδάκη στη διαμόρφωση της φυσιογνωμίας του ελληνικού θεάτρου του 19ου αι. υπήρξε ιδιαίτερα σημαντική. Μέρος της Συλλογής έχει ήδη ψηφιοποιηθεί, ενώ στόχος της Βιβλιοθήκης είναι η ψηφιοποίηση και ανάδειξη ολόκληρης της Συλλογής, όπως επίσης και η απόκτηση των υπολοίπων βιβλίων της προσωπικής του βιβλιοθήκης, τα οποία είναι άγνωστο τι απέγιναν.
Η παρούσα συλλογή αποτελεί βιβλιογραφία με υλικό το οποίο αφορά στις 3 διαλέκτους που εξετάστηκαν στο πλαίσιο του προγράμματος «Πόντος, Καππαδοκία, Αϊβαλί: Στα χνάρια της Μικρασιατικής Ελληνικής»-Θαλής-AMiGre (Καππαδοκική, Ποντιακή και Αϊβαλιώτικα, Υπεύθ. Καθ. Αγγελική Ράλλη). Η παρούσα συλλογή αποτελεί προϊόν ερευνητικού προγράμματος.
Περισσότεροι από 10.000 τόμοι βρίσκονται διασκορπισμένοι σε όλο το σπίτι. Καλύπτουν ένα ενδιαφέρον φάσμα θεμάτων (λογοτεχνία, ιστορία, τέχνη, αρχαιολογία, ιατρική) σε μεγάλη ποικιλία γλωσσών (ελληνική, γαλλική, αγγλική, γερμανική). Πολλά είναι πρώτες ή σπάνιες εκδόσεις, υπογεγραμμένα και αφιερωμένα στους Κατακουζηνούς από τους συγγραφείς τους. Μία πλούσια συλλογή ιατρικών βιβλίων (με ιδιαίτερο βάρος βέβαια στην ψυχιατρική και την ψυχανάλυση), συγκεντρωμένα στη διάρκεια 60 ετών από τον καθηγητή Κατακουζηνό, έχει ιδιαίτερη αξία. Μία ακόμη σπάνια σειρά είναι τα τεύχη του περιοδικού τέχνης Verve, έργο του εκδότη και εμπόρου τέχνης Teriade (Στρατή Ελευθεριάδη), στενού φίλου των Κατακουζηνών. Ανάμεσά τους περιλαμβάνεται η σπάνια έκδοση της Βίβλου με εικονογραφήσεις του Marc Chagall.
Παράγωγα του Εργαστηρίου Γραφικών Τεχνών, Τυπογραφίας και Τέχνης του Βιβλίου της Ανωτάτης Σχολής Καλών Τεχνών.
Η ψηφιακή συλλογή περιλαμβάνει βιντεοσκοπήσεις παραγωγών του Εθνικού Θεάτρου των τελευταίων ετών (1994 και εξής). Πρόκειται για παραστάσεις που ανέβηκαν στην Κεντρική Σκηνή, στη σκηνή Κοτοπούλη Rex, στο Γκαράζ, στο αρχαίο θέατρο Επιδαύρου, στο Ωδείο Ηρώδου του Αττικού και το Κατράκειο Θέατρο της Νίκαιας. Περιλαμβάνονται στοιχεία για το είδος του γεγονότος που αποτυπώνεται (παράσταση, πρόβα, ομιλία κ.ο.κ.), περιγραφή (αν πρόκειται για ολόκληρη την παράσταση ή μέρος αυτής) και ταύτιση των δραματουργικών μερών όταν η παράσταση έχει περισσότερα οπτικά τεκμήρια κ.ο.κ.).
Η συλλογή των βίντεο από το Λύκειο των Ελληνίδων Πάτρας που περιέχει στιγμιότυπα, παραστάσεις μικρών και μεγάλων, συμμετοχές σε διεθνή φεστιβάλ, διάφορες εκδηλώσεις και παρελάσεις.