Η συλλογή περιλαμβάνει τα ευρήματα από τις ανασκαφές στο ιερό της Δήμητρας και στο δυτικό νεκροταφείο της αρχαίας πόλης. Τα αρχαία αντικείμενα φωτίζουν τη σημασία του ιερού, σημαντικού χώρου της λατρεία της Δήμητρας από το 1500 π.Χ. ως τον 4ο αιώνα μ.Χ. και τόπου τέλεσης των Ελευσινίων Μυστηρίων από τον 5ο αιώνα π.Χ. ως και το 2ο αιώνα μ.Χ.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα όπως αντικείμενα καθημερινής ζωής -δημόσιας και ιδιωτικής-, των αθλητικών δραστηριοτήτων, της λατρείας και των ταφικών εθίμων, την πολιτισμική φυσιογνωμία της πόλης της Ερέτριας και των γειτονικών προϊστορικών οικισμών της Ξηρόπολης ή Λευκαντίου, της Αμαρύνθου και της Μαγούλας.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα που προέρχονται από ανασκαφές που διεξάγονται στο νησί από την Αρχαιολογική Υπηρεσία και τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή. Μέσα από αυτά σκιαγραφείται η πορεία της πόλης της Θάσου μέσα στο χρόνο, από την εγκατάσταση εκεί των πρώτων αποίκων από την Πάρο (περ. 680 π.Χ.) έως και την βυζαντινή εποχή (15ος αι.) Τα αντικείμενα ρίχνουν φως σε διάφορες πτυχές της ζωής στην αρχαία πόλη όπως στις καθημερινές δραστηριότητες, την οικονομική και τη θρησκευτική ζωή.
Η συλλογή αρχικά περιελάμβανε ευρήματα από τις έρευνες του Α. Κεραμόπουλλου στο ανάκτορο του Κάδμου και πολλά άλλα από το Πολυάνδριο των Θεσπιών, από τα μυκηναϊκά και κλασικά νεκροταφεία της Θήβας, της Τανάγρας, της Ριτσώνας και από την προϊστορική Εύτρηση. Στη συνέχεια προστέθηκαν αρκετά νέα ευρήματα και κυρίως τα γλυπτά από το ιερό της Αρτέμιδος στην Αυλίδα, καθώς και από τις γερμανικές ανασκαφές στο Καβίρειο και από τις ανασκαφές της Θ΄ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων στη Θήβα, στον Ορχομενό και στην Τανάγρα.
Η συλλογή περιλαμβάνει αντικείμενα από παλιότερες ανασκαφές της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών στο ιερό του Ποσειδώνα, στο παρακείμενο ιερό του Παλαίμονα, στο στάδιο, στον ελληνιστικό οικισμό της Ράχης και στο αρχαίο λιμάνι των Κεγχρεών, σημαντικό σταθμό διαμετακομιστικού εμπορίου κατά τον 4ο αιώνα μ.Χ. Επίσης περιλαμβάνονται ευρήματα πρόσφατων ανασκαφών στο ιερό του Ποσειδώνα, στα ρωμαϊκά λουτρά, στο βυζαντινό φρούριο, στα νεκροταφεία της Ισθμίας και στο Ιουστινιάνειο ή Εξαμίλιο Τείχος, ένα από τα μεγαλύτερα οχυρωματικά έργα για την προστασία και άμυνα της Πελοποννήσου. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον αποτελούν τα υαλοθετήματα από το ναό της Ίσιδας στο λιμάνι των Κεγχρεών.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα προερχόμενα από διάφορες θέσεις, που χρονολογούνται από τη νεολιθική περίοδο ως τα ρωμαϊκά χρόνια. Τα αντικείμενα παρέχουν πληροφορίες για τη ζωή στις αρχαίες πόλεις της ανατολικής Μακεδονίας.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από την περιοχή της νότιας Εύβοιας που χρονολογούνται από τη νεολιθική έως τη ρωμαϊκή περίοδο. Το υλικό περιλαμβάνει γλυπτά, αναθηματικά, επιτύμβια, επιγραφές και αρχιτεκτονικά μέλη δημόσιων οικοδομημάτων. Στις προθήκες κυρίαρχη θέση καταλαμβάνουν κτερίσματα τάφων κλασικών-ελληνιστικών χρόνων της Καρύστου αλλά και ευρήματα από ανασκαφές άλλων περιοχών (Στύρα, Αρχάμπολη, Δρακόσπιτο Όχης, Πλακαρή)
Η συλλογή του Μουσείου του Κεραμεικού περιλαμβάνει ευρήματα σχεδόν αποκλειστικά ταφικού χαρακτήρα, που προέρχονται από τις ανασκαφές του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου στον αρχαιολογικό χώρο του Κεραμεικού, το μεγαλύτερο επίσημο νεκροταφείο της αρχαίας Αθήνας, το οποίο χρησιμοποιήθηκε αδιάκοπα για περισσότερους από δεκαπέντε αιώνες. Εκτός από τα ταφικού χαρακτήρα αντικείμενα, ξεχωριστό ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα ευρήματα που προέρχονται από τη μοναδική ιδιωτική οικία της κλασικής εποχής, καθώς και τα κτερίσματα που αποδίδονται στην ομαδική ταφή των νεκρών του λοιμού, που ενέσκηψε στην Αθήνα στην αρχή του Πελοποννησιακού πολέμου (καλοκαίρι 430/429 π.Χ.)
Η συλλογή περιλαμβάνει αντικείμενα από γνωστές αρχαιολογικές θέσεις της νεολιθικής περιόδου, της πρώιμης εποχής του Σιδήρου, καθώς και ανασκαφικά ευρήματα από το νεκροταφείο της εποχής του Σιδήρου στον οικισμό του Παλιού Γυναικόκαστρου. Ακόμη περιλαμβάνει ευρήματα των ιστορικών χρόνων. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα αντικείμενα από τις πόλεις της Ευρωπού και του Παλατιανού.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από τους οικισμούς και τις σημαντικότερες πόλεις-κράτη που αναπτύχθηκαν κατά την αρχαιότητα στην ευρύτερη περιοχή της Κισάμου και ανασυνθέτουν την ιστορία της περιοχής από την προϊστορική εποχή ως την ύστερη αρχαιότητα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα ευρήματα που δίνουν πληροφορίες για την περίοδο που η πόλη γνώρισε ιδιαίτερη άνθηση κατά τον 1ο-4ο αιώνα μ.Χ.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα που προέρχονται από τις ανασκαφές της Ιταλικής Αρχαιολογικής Σχολής στην Πολιόχνη, το Καβείριο και την Ηφαιστία και από ανασκαφικές έρευνες της Εφορείας κυρίως στη Μύρινα. Επίσης φιλοξενούνται σποραδικά ευρήματα από ολόκληρο το νησί, δωρεές ιδιωτικών συλλογών καθώς και αρχαιότητες της Ίμβρου, που είχε αποστείλει στην Αθήνα ο Επίσκοπος του νησιού λίγο πριν τη Μικρασιατική Καταστροφή.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από το ιερό της Δέσποινας στη Λυκόσουρα
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από το χώρο του θεάτρου της αρχαίας πόλης, του Θερσίλειου (βουλευτηρίου της αρκαδικής ομοσπονδίας), της Αγοράς της Μεγαλόπολης και της ευρύτερης περιοχής της Μεγαλοπολίτιδας.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από τις ανασκαφές από την ευρύτερη περιοχή των Μεγάρων από την αρχαϊκή έως τη ρωμαϊκή εποχή.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα τα οποία καλύπτουν όλες τις χρονικές περιόδους χρήσης του χώρου από την πρωτοελλαδική εποχή ως την ύστερη αρχαιότητα. Τα αντικείμενα προσφέρουν πληροφορίες για τη ζωή στις Μυκήνες, καθώς και για τις μεταθανάτιες αντιλήψεις των Μυκηναίων αλλά και τα σημαντικότερα επιτεύγματά τους, τα οποία επέδρασαν καθοριστικά στη δημιουργία του ελληνικού πολιτισμού των ιστορικών χρόνων, την εξάπλωση του μυκηναϊκού πολιτισμού στο Αιγαίο και στη Μεσόγειο, καθώς και την πτώση του μυκηναϊκού κόσμου και την ανάπτυξη του χώρου στους ιστορικούς χρόνους.