Η συλλογή κεραμικών του Ιστορικού Μουσείου Κρήτης ξεκινά από την περίοδο της μετάβασης στον χριστιανισμό καταλήγοντας στην περίοδο της Οθωμανικής κυριαρχίας. Αποτυπώνει την εξελικτική πορεία της κεραμικής, από τα άβαφα και αδιακόσμητα σκεύη των πρώτων βυζαντινών αιώνων στην επικράτηση της τεχνικής της εφυάλωσης και στα εξαιρετικά πολυτελή σκεύη της βενετσιάνικης περιόδου.
Η συλλογή απαρτίζεται από χρηστικά και καλλιτεχνικά αντικείμενα παραγωγής της «Ανώνυμης Κεραμευτικής Εταιρείας Λαυρίου» (Α.Κ.Ε.Λ.), μιας επιχείρησης παραγωγής ειδών κεραμικής πού ίδρυσε η Εθνική Τράπεζα της Ελλάδος και λειτούργησε στο Λαύριο με διάφορα σχήματα από το 1941 έως το 1957, υπό την καλλιτεχνική διεύθυνση του κορυφαίου Έλληνα κεραμίστα Πάνου Βαλσαμάκη. Επίσης, στην συλλογή περιέχονται εργαλεία, καθώς και φωτογραφικό και αρχειακό υλικό που σχετίζονται με την λειτουργία της ΑΚΕΛ. Η αρχική δημιουργία της συλλογής έγινε με εθελοντική προσφορά των αντικειμένων που είχαν στην κατοχή τους κάτοικοι του Λαυρίου και παλαιοί εργαζόμενοι στην ΑΚΕΛ. Η συλλογή αυτή εμπλουτίζεται συνεχώς τόσο με κεραμικά προϊόντα, όσο και με ιστορικό αρχειακό υλικό που σχετίζεται με την λειτουργία της ΑΚΕΛ, είχε δε εκτεθεί προσωρινά (2005-2017) σε κτήριο του Τεχνολογικού Πολιτιστικού Πάρκου Λαυρίου, ενώ επί του παρόντος είναι συσκευασμένη και αποθηκευμένη αναμένοντας την μεταστέγασή της στην μόνιμη στέγη του Μουσείου, στο διατηρητέο κτήριο καθίζησης μεταλλεύματος της Εταιρείας Μεταλλουργείων Λαυρίου, το οποίο αποκαθίσταται και διαρρυθμίζεται για τον σκοπό αυτό με δαπάνη της Περιφέρειας Αττικής.
Η συλλογή κεραμικής του Μουσείου Ελληνικής Λαϊκής Τέχνης περιλαμβάνει χαρακτηριστικά δείγματα από διάφορες περιοχές του ευρύτερου -ιστορικού- ελληνικού χώρου. Μεγάλο μέρος της αποτελεί η συλλογή Β. Κυριαζόπουλου. Στον ημιώροφο του κεντρικού κτηρίου του Μουσείου εκτίθεται η συλλογή της Έφης Μιχελή, με μαστραπάδες από το Πέζαρο της Ιταλίας, πιάτα από το Τσανάκ-Καλέ του Ελλήσποντου και κεραμικά που χρησιμοποιούνταν στο σκυριανό σπίτι. Στο ισόγειο και στον τρίτο όροφο του κεντρικού κτηρίου, εκτίθενται δύο σύνολα από «ροδίτικα» πιάτα, χαρακτηριστικά δείγματα της αγαπητής στα Δωδεκάνησα, και όχι μόνο, ισλαμικής κεραμικής.
Κατά τα έτη 2003 και 2004 αποκτήθηκε από τη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη, με αγορά από την οικογένεια Καππάδοχου, πρωτότυπο, στην πλειοψηφία του, αρχειακό υλικό που αφορά την Κέρκυρα κατά τους τρεις τελευταίους αιώνες της βενετικής κυριαρχίας αλλά και κατά τον 19ο αιώνα. Με βάση το χρονολογικό αλλά και το ειδολογικό κριτήριο δημιουργήθηκαν μικρές ενότητες όπου και εντάχθηκαν τα έγγραφα, καθώς ήταν εντελώς ασύνδετα μεταξύ τους και στη συνέχεια ταξινομήθηκαν, αριθμήθηκαν σε συνεχή αρίθμηση με αραβικό αριθμό εντός αγκύλης άνω δεξιά κάθε φύλλου και τοποθετήθηκαν σε αρχειακούς φακέλους. Δημιουργήθηκαν έτσι δύο βασικές ενότητες. Η πρώτη αφορά τα έγγραφα που ανήκουν στην όψιμη βενετική περίοδο της κερκυραϊκής ιστορίας, από τον 16ο ώς το τέλος του 18ου αιώνα, και η δεύτερη τα νεότερα έγγραφα του 19ου αιώνα, κατά την περίοδο της Ιονίου Πολιτείας και της Αγγλοκρατίας, καθώς επίσης και των πρώτων δεκαετιών μετά την ενσωμάτωση των Ιονίων Νήσων στο ελληνικό κράτος (1864). Ιδιαίτερα αξιόλογο εμφανίζεται το σώμα των εγγράφων της βενετοκρατίας: 55 έγγραφα, δημόσια και ιδιωτικά, σε χειρόγραφη μορφή, κυρίως στην ελληνική γλώσσα, λιγότερα στα ιταλικά και ένα στα λατινικά, που χρονολογούνται, όπως αναφέρθηκε, από τον 16ο ώς και το τέλος του 18ου αιώνα. Πρόκειται για εκκλησιαστικά έγγραφα και πιο συγκεκριμένα πρωτοπαπαδικά (διατάγματα και άδειες γάμου), έγγραφα δηλαδή που απολύθηκαν από τον μεγάλο πρωτοπαπά, την κεφαλή της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Κέρκυρας κατά τη βενετοκρατία, δημόσια έγγραφα, όπως αποφάσεις και διατάγματα των ανώτατων βενετών διοικητών της Κέρκυρας, δηλαδή των βαΐλων, ιδιωτικά έγγραφα, κυρίως δε νοταριακά (προικοσύμφωνα, διαθήκες, πωλητήρια και μισθωτήρια), μια δουκική επιστολή (lettera ducale) του δόγη της Βενετίας Paolo Renier (1779) στα λατινικά σε περγαμηνή, καθώς και δύο επιχρωματισμένα χειρόγραφα αντίγραφα από τοπογραφικά βαρωνειών, δηλαδή φεουδαλικών γαιών, της Κέρκυρας του 18ου αι. Στα νεότερα περιλαμβάνονται 36 έγγραφα, δημόσια και ιδιωτικά, έντυπα και χειρόγραφα, κυρίως στα ελληνικά, λιγότερα στα ιταλικά, δύο στα λατινικά και ελάχιστα στα αγγλικά και τα γαλλικά. Πρόκειται για Εφημερίδες της Κυβερνήσεως της Πολιτείας των Ιονίων Νήσων καθώς και του Βασιλείου της Ελλάδος, διοικητικά έγγραφα των τοπικών αρχών της Κέρκυρας, δικαστικές αποφάσεις, διαζύγια, συμβολαιογραφικά έγγραφα (κυρίως διαθήκες), ιδιωτικές επιστολές, βεβαιώσεις σπουδών και τοπογραφικά ακινήτων στην πόλη της Κέρκυρας. Αξίζει να τονισθεί ιδιαίτερα η σημασία του βενετικού σώματος των εγγράφων καθώς ανάγεται σε βάθος αιώνων, εμπλουτίζοντας σημαντικά τα Αρχεία της Γενναδείου που καλύπτουν κυρίως τον 19ο και τον 20ο αιώνα. Αλλά και σε πανελλαδικό επίπεδο πρόκειται για υλικό αξιόλογο καθώς ανάλογο απαντά μόνο στο πλούσιο βενετικό αρχειακό υλικό που απόκειται σήμερα στα ΓΑΚ Κέρκυρας.
Το 1962 ιδρύθηκε από τον τότε Διευθυντή του Κέντρου Γ. Κ. Σπυριδάκη το Tμήμα Κινηματογραφικών Θεμάτων του λαϊκού πολιτισμού, το οποίο στη συνέχεια εμπλούτισε ο ερευνητής Γ. Ν. Αικατερινίδης. Το αρχείο διαθέτει 82 κινηματογραφήσεις λαογραφικών θεμάτων σε ταινίες των 16 mm., μήκους 8.500 περίπου μέτρων. Από τη δεκαετία του 1980 χρησιμοποιήθηκαν από τους ερευνητές κατά τις επιτόπιες έρευνες βιντεοκάμερες, ενώ σήμερα χρησιμοποιούνται ψηφιακές κάμερες. Στο πλαίσιο της αναδιοργάνωσης και του εκσυγχρονισμού του, το Κέντρο Λαογραφίας εργάζεται προς την κατεύθυνση της ψηφιοποίησης του κινηματογραφικού του υλικού (αρχής γενομένης από τις ταινίες των 16 mm.), ώστε να βελτιωθεί η πρόσβαση σε αυτό.
Το 1962 το Κέντρο Λαογραφίας απέκτησε κινηματογραφική μηχανή, οπότε ιδρύθηκε από τον τότε Διευθυντή Γ. Κ. Σπυριδάκη το Tμήμα Κινηματογραφικών Θεμάτων του λαϊκού πολιτισμού. Το κινηματογραφικό αρχείο εμπλούτισε στη συνέχεια ο ερευνητής Γ. Ν. Αικατερινίδης, ο οποίος ανέλαβε να αξιοποιήσει την κινηματογραφική μηχανή. Το αρχείο διαθέτει 82 κινηματογραφήσεις λαογραφικών θεμάτων σε ταινίες των 16 mm., από την πρώτη δεκαετία λειτουργίας του εν λόγω αρχείου. Από τη δεκαετία του 1980 χρησιμοποιήθηκαν από τους ερευνητές κατά τις επιτόπιες έρευνες βιντεοκάμερες, ενώ σήμερα χρησιμοποιούνται ψηφιακές κάμερες. Στο πλαίσιο της αναδιοργάνωσης και του εκσυγχρονισμού του το Κέντρο Λαογραφίας εργάστηκε προς την κατεύθυνση της ψηφιοποίησης του κινηματογραφικού του υλικού, αρχής γενομένης από τις ταινίες των 16 mm., ώστε να βελτιωθεί η πρόσβαση σε αυτό. Θέματα από το κινηματογραφικό υλικό του Κέντρου, εκτός από την επιστημονική τους αξιοποίηση, έχουν προβληθεί, είτε αυτόνομα είτε ενσωματωμένα σε κινηματογραφικά ντοκιμαντέρ σε πολλές περιστάσεις, από την Ελληνική Τηλεόραση.
Κινητή έκθεση που καλύπτει τις ακόλουθες θεματικές ενότητες: - Ιστορία, εξέλιξη, τυπολογία, και λειτουργικότητα της στάμνας. - Αγγειοπλάστες, εργαστήρια, τεχνικές κατασκευής και διακόσμησης. - Εμπορική διοχέτευση και χρήσεις της στάμνας.
Η κινητή έκθεση του Μουσείου, η οποία περιλαμβάνει ποικίλα αντικείμενα, φωτογραφίες και οπτικοακουστικό υλικό.
Συλλογή "θρυλικών" μοντέλων της παγκόσμιας αυτοκίνησης όπως ALFA ROMEO, BMW, JAGUAR, LANCIA, MERCEDES, PORSCHE και ROLLS ROYCE, καθώς και μοντέλων εταιριών που δεν υπάρχουν πια, αλλά στην εποχή τους δημιούργησαν το Θρύλο της Διεθνούς Αυτοκινητοβιομηχανίας.
Παράρτημα του Α' τόμου του Μητρώου των υπαγομένων στο Υπουργείο Παιδείας κληροδοτημάτων. Εκθέσεις διαχείρισης των διαφόρων κληροδοτημάτων, Αθήναι 1930 (έκδοση του ΥΠ.Ε.Π.Θ. Τμήμα Κληροδοτημάτων).
Αρχείο Κοινότητας Τεργέστης: χειρόγραφα επιφυλλίδων στη Νέα Ημέρα Τεργέστης (1906), χειρόγραφα και αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών (1895-1935).
Πρωτόκολλο εισερχόμενης αλληλογραφίας της Κοινότητας Ύδρας. Κάθε σελίδα περιλαμβάνει 8 στήλες: αύξων αριθμός καταγραφής, αριθμός που φέρει το έγγραφο, μήνας, ημέρα, έτος, τόπος, αποστολέας και περιεχόμενο.
Συλλογή φωτογραφιών, απεικονίσεων και πινάκων που αποδίδουν παραστατικά τα διάφορα στάδια της μεταλλευτικής ιστορίας και μεταλλευτικής δραστηριότητας της Μήλου. Η συλλογή περιλαμβάνει επίσης παλιούς και σύγχρονους γεωλογικούς και τοπογραφικούς χάρτες του νησιού, διάφορα αυθεντικά εργαλεία και όργανα, καθώς και απεικονίσεις της σημερινής εξορυκτικής δραστηριότητας και των εργασιών περιβαλλοντικής αποκατάστασης.