Collections
Αυτόγραφα (Κ64ζ)
Συλλογή εγγράφων αποτελούμενη στην πλειοψηφία της από αυτόγραφα διασήμων ανδρών της ελληνικής ιστορίας (Κοραή, συνοδικών του Πατριαρχείου Κωνσταντινούπολης, Αγαθάγγελου Τυπάλδου, Δ. Υψηλάντη, Ελισάβετ Υψηλάντου, Βιάρου Καποδίστρια, Πατριάρχη Κωνσταντίου Α΄, Λουδοβίκου Βασιλιά της Βαυαρίας, Γ. Καραϊσκάκη, Θεόφιλου Καΐρη, Γ. Κουντουριώτη, Μιχ. Γ. Σχινά, Αλ. Στούρζα, Βαρώνου Σίνα, Χαρ. Τρικούπη, Βασιλιά Όθωνα, Α. Γ. Βούλγαρη, Βασίλισσας Αμαλίας, Βασιλιά Γεωργίου Α΄, Θ. Α. Ζαΐμη, Γ. Σταύρου, Π. Νοταρά, Α.Γ. Κουντουριώτη, Αριστ. Βαλαωρίτη, Ν. Δεληγιάννη, Ελευθέριου Βενιζέλου).
Αυτόνομος Ήπειρος (Κ79ε)
Μικρά συλλογή εγγράφων της Αυτόνομου Ηπείρου, με τα οποία τίθενται σε κυκλοφορία νεοτυπωθέντα γραμματόσημα.
Β Παγκόσμιος Πόλεμος
Έκθεση αντικειμένων και εικονογραφικού υλικού, που πλαισιώνεται από οπτικοακουστικά ντοκουμέντα σχετικά με την εμπλοκή της Κρήτης στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο. Ιδιαίτερη ενότητα της έκθεσης συνιστούν το γραφείο, η βιβλιοθήκη και τα προσωπικά αντικείμενα του Εμμ. Τσουδερού.
Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος
Συλλογή φωτογραφιών, λιθογραφιών, κειμηλίων, ενθυμίων, λαφύρων και οπλισμού από τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο, και συγκεκριμένα από τον Ελληνοϊταλικό Πόλεμο του 1940-41, τη Γερμανική Εισβολή στην Ελλάδα το 1941, την Κατοχή, τη Μάχη της Κρήτης, τις επιχειρήσεις στη Μέση Ανατολή και τη Βόρειο Αφρική, την Αντίσταση και την Απελευθέρωση.
Βαλκανικοί Πόλεμοι
Συλλογή όπλων, αντικειμένων, φωτογραφιών, πολεμικών λαφύρων, διπλωμάτων μεταλλίων αγωνιστών και αντιγράφων ελαιογραφιών από τις νικηφόρες μάχες και τις ναυμαχίες των Βαλκανικών Πολέμων, 1912-1913.
Βαλκανικοί Πόλεμοι
Η συγκεκριμένη συλλογή, επικεντρώνεται στο να διατηρήσει ζωντανά στην μνήμη, τα κατορθώματα του Ελληνικού Στόλου κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων. Έτσι, κανείς μπορεί να παρατηρήσει προσωπικά αντικείμενα του Ναυάρχου Παύλου Κουντουριώτη, τα οποία προσφέρθηκαν στο Ναυτικό Μουσείο από την σύζυγο του εγγονού του (Μάντυ Κουντουριώτη), δελτία Πανελλήνιου Εράνου για την ενίσχυση του Ελληνικού Στόλου αλλά και φωτογραφικά ντοκουμέντα, τα οποία δόθηκαν ως δωρεά από το Ναυτικό Μουσείο της Ελλάδας και από ιδιώτες . Σε αυτές τις φωτογραφίες απαθανατίζονται πρόσωπα του Πολεμικού Ναυτικού αλλά και σκηνές από την Ιστορία της Ελλάδος. Ακόμη, εκτίθενται τρεις σημαίες εξέχουσας σημασίας: Ελληνική Σημαία Θαλάσσης της περιόδου των Βαλκανικών Πολέμων, με τα αρχικά Ζ.Ε.Κ(Ζήτω Ελεύθερη Κρήτη), Ελληνική σημαία όμοια με εκείνη που υψώθηκε την 1η Δεκέμβρη του 1913 στο Φρούριο του Φιρκά στα Χανιά(Δωρεά Ι.Ε.Ε.) καθώς και η σημαία που υψώθηκε στο Φιρκά την 1η Δεκέμβρη του 2013, ανήμερα της επετείου των 100 χρόνων Ένωσης με την Κρήτη. Δεν θα μπορούσαν να λείπουν από την συλλογή μοντέλα σημαντικών πολεμικών πλοίων εκείνης της Ιστορικής περιόδου: Το Θωρηκτό «Αβέρωφ», το οποίο έλαβε μέρος στις νικηφόρες Ναυμαχίες της «Έλλης» και της «Λήμνου», το αντιτορπιλικό «Νίκη», το υποβρύχιο «Δελφίν», το πρώτο υποβρύχιο που επιτέθηκε με τορπίλες σε τούρκικο καταδρομικό (1912), το Θωρηκτό «Κιλκίς», το θωρηκτό «Σπέτσες-Ύδρα-Ψαρά» και η Κανονιοφόρος «Σφακτηρία». Τέλος, χαρακτηριστικά είναι το σπαθί Αξιωματικού Πολεμικού Ναυτικού(δωρεά από τον Αρχηγό του Πολεμικού Ναυτικού) και τα όπλα της Εποχής των Βαλκανικών πολέμων.