Το αρχείο καλύπτει χρονικό διάστημα 15 ετών και εμπεριέχει τεκμήρια για τις τρεις συνεχόμενες κοινοβουλευτικές περιόδους (1989-1994, 1994-1999, 1999-2004), στις οποίες ο Μ. Παπαγιαννάκης διετέλεσε ευρωβουλευτής εκ μέρους του κόμματος της Ελληνικής Αριστεράς (ΕΑΡ) 1989-1994 και στη συνέχεια του Συνασπισμού της Αριστεράς και της Προόδου (ΣΥΝ) 1994-2004. Πρόκειται για αρχείο με ικανοποιητική πληρότητα, το οποίο εξασφαλίζει χωρίς ανακολουθίες τη χρονική συνέχεια ως προς τη σειρά και συχνότητα των εγγράφων του ενώ παράλληλα δημιουργεί μια πλήρως αντιπροσωπευτική εικόνα των δραστηριοτήτων του ευρωβουλευτή τόσο στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο όσο και στην ελληνική πολιτική και κοινωνική σκηνή με την ιδιότητά του ως ευρωβουλευτή. Το αρχείο, σε γενικές γραμμές, ήταν οργανωμένο σύμφωνα με τις ανάγκες χρήσης του ευρωβουλευτή. Από την επεξεργασία του αρχείου προκύπτει με σαφήνεια ο τρόπος λειτουργίας του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, μέσα από τις δραστηριότητες των Επιτροπών στις οποίες συμμετείχε ο Μ.Π., ενώ παράλληλα σκιαγραφούνται οι επαφές του με προσωπικότητες και φορείς του ελληνικού και του ευρωπαϊκού χώρου αλλά και ενός τμήματος του ελληνικού πληθυσμού που απευθύνεται μέσω του συγκεκριμένου ευρωβουλευτή της Αριστεράς στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. καταγραφή του αρχείου υπαγόρευσε την οργάνωσή του σε σειρές ακολουθώντας θεματολογικά και χρονολογικά κριτήρια. >Κοινοβουλευτική δραστηριότητα (E): E 001. Γραπτές ερωτήσεις (με απαντήσεις) (1989-2004) E 002. Γραπτές ερωτήσεις (χωρίς απαντήσεις) (1990-1997) E 003. Εκθέσεις (1994-2003) E 004. Γνωμοδοτήσεις (1996-2004) E 005. Ψηφίσματα (1989-2004) E 006. Αναφορές (2000-2001) E 007. Ομιλίες στο Ευρωπαϊκό Κοινoβούλιο (1999-2002) E 008. Παρεμβάσεις (1989-2004) E 009. Δηλώσεις (1999-2003) E 010. Αιτιολόγηση ψήφου (2002-2003) E 011. Διακομματικές Ομάδες (Intergroup) (1998-2001) E 012. Καταχωρήσεις κοινοβουλευτικής δραστηριότητας (1989-2004) > Πολιτική δραστηριότητα (P)(Ελλάδα ΕΕ): P 001. Εσωκομματική δραστηριότητα ΣΥΝ- παρεμβάσεις Μ.Π. 1987-2002 P 002. Προεκλογικές εκστρατείες 1989- 1999 P 003. Ριζοσπαστικό Φόρουμ 1992-1994 P 004. Ευρωπαϊκή Ριζοσπαστική και Οικολογική Αριστερά (Ε.Ρ.ΟΙΚ.Α) 1995-1998 P 005. Τμήμα Οικολογίας του ΣΥΝ 1995- 2002 P 006. Ενιαία Ευρωπαϊκή Αριστερά- ΣΥΝ 2002-2003 P 007. Βραβείο Ειρήνης και Φιλίας «Αμπντί ΙΠΕΚΤΣΙ» 1994-1999 > εφημερίδα Η ΑΥΓΗ (Α) Α 001- A 008 1989-4/1997 Από την αποδελτίωση της εφημερίδας αναδείχθηκε ηπολιτική και κοινωνική παρουσία του Μ. Παπαγιαννάκη. > Πολιτική επικοινωνία (Ι): Ι 001. Συνεντεύξεις & απαντήσεις σε ερωτήματα δημοσιογράφων- σχόλια στον ημερήσιο & περιοδικό τύπο (χειρόγραφα κείμενα) 1989-2004 Ι 002. Συνεντεύξεις & απαντήσεις σε ερωτήματα δημοσιογράφων- σχόλια στον περιοδικό και ημερήσιο τύπο (δημοσιευμένα) 1989-2004 Ι 003. Πολιτικές δηλώσεις (χειρόγραφες) 1990-2004 Ι 004. Δελτία Τύπου 1993-2004 > Ομιλίες σε συνέδρια και ημερίδες (S): S 001. Ομιλίες και σχέδια ομιλιών σε συνέδρια και ημερίδες στην Ελλάδα και στο εξωτερικό (1989-2002) S 002. Δημοσιευμένες ομιλίες και εισηγήσεις του ΜΠ σε τόμους πρακτικών ημερίδων και συνεδρίων (1989-2001) > Aρθρα (AR): AR 001. Aρθρα στον ημερήσιο και περιοδικό τύπο (χειρόγραφα κείμενα), 1990-2004 AR 002. Aρθρα στον ημερήσιο και περιοδικό τύπο (δημοσιευμένα), 1989-2004 AR 003. ΣΥΝεπικοινωνία (1997-2000) AR 004. ΑΝΤΙ (1993-1997) AR 005. ΟΙΚΟΕΝΗΜΕΡΩΣΗ (1999-2001) AR 006. ΝΕΑ ΟΙΚΟΛΟΓΙΑ (1992-1999) AR 007. ΑΚΑΝΘΟΧΟΙΡΟΣ (1996-1998) AR 008. ΒΙΒΛΙΑ- ΦΥΛΛΑΔΙΑ Aρθρα σε συλλογικούς τόμους (1991-2003) Προλεγόμενα, εισαγωγές, επίμετρα (1996-2004) Φυλλάδια (1990-1998) AR 009. Δημοσιεύματα για τον Μ.Π. στον Τύπο (1989-2004) > Εισερχόμενη και εξερχόμενη αλληλογραφία (C) : C 001. Εισερχόμενη αλληλογραφία (γενική) 1990-2003 C 002. Εισερχόμενη αλληλογραφία (αιτήματα προς Μ.Π.) 1994-2004 C 003. Εισερχόμενη αλληλογραφία (απαντήσεις σε αιτήματα Μ.Π.) 1993-1994 C 004. Εισερχόμενη αλληλογραφία (προσκλήσεις-προγράμματα συνεδρίων) 1989-2005 C 005. Εξερχόμενη αλληλογραφία 1991-2003