Οι συλλογές του απαρτίζονται από έργα ζωγραφικής, σχεδίων, γλυπτικής και χαρακτικών Ευρωπαίων καλλιτεχνών μέσα από τα οποία γίνεται προσπάθεια να καταγραφούν οι τάσεις, τα πρόσωπα και η φιλοσοφία της ανθρωποκεντρικής ευρωπαϊκής ζωγραφικής μετά το 1940.
Πρόκειται για την ψηφιοποιημένη εκδοχή της φυσικής συλλογής του Μουσείου Φρυσίρα η οποία έχει ψηφιοποιηθεί κατά το μεγαλύτερο μέρος της (90%).
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας εκθέτει απολιθώματα από τις παλαιοντολογικές ανασκαφές του ΑΠΘ στα Γρεβενά με κύριο έκθεμα τα δύο ζεύγη χαυλιο-δόντων από μαστόδοντες (Mammut borsoni). Πρόκειται για τους μεγαλύτερους παγκοσμίως, καταχωρημένους στο βιβλίο των ρεκόρ Γκίνες 2011. Επίσης, διαθέτει απολιθώματα σπονδυλωτών και ασπόνδυλων ζώων, κυρίως, από την περιοχή των Γρεβενών και άλλων περιοχών και από διάφορους δωρητές.
Συλλογή επιστημονικών οργάνων, ορισμένα από τα οποία είναι σπάνια ή πολύ παλαιά, χρονολογούμενα από τις αρχές του 19ου αιώνα, όταν ακόμη λειτουργούσε η Σχολή της Χίου, ένα από τα πρώτα σχολεία του ελληνικού έθνους όπου διδάχθηκε η Πειραματική Φυσική και η Χημεία. Η Σχολή της Χίου αργότερα μετονομάστηκε σε Γυμνάσιον Χίου και σήμερα λειτουργεί ως 1ο Γυμνάσιο Χίου. Στη συλλογή υπάρχουν αρκετά όργανα που χρονολογούνται από το δεύτερο μισό του 19ου αιώνα, ενώ τα περισσότερα έχουν αποκτηθεί πριν από το 1950. Η πλειονότητα των επιστημονικών οργάνων είναι δωρεές παλαιών Χιωτών, ευεργετών και μαθητών του Γυμνασίου και αγοράστηκαν από το Βερολίνο, το Παρίσι και άλλες ευρωπαϊκές πόλεις. Ορισμένα όργανα των αρχών του 20ού αιώνα παραχωρήθηκαν στο Γυμνάσιον Χίου από το Πανεπιστήμιο Αθηνών, στην κατοχή του οποίου περιήλθαν ως αποτέλεσμα των γερμανικών αποζημιώσεων του Α' Παγκοσμίου Πολέμου, ενώ αρκετά προέρχονται από το Υπουργείο Παιδείας. Η συλλογή περιλαμβάνει όργανα γενικής χρήσης, μηχανικής στερεών, μηχανικής ρευστών, μετεωρολογίας, ταλαντώσεων και κυμάτων, θερμότητας, ηλεκτρισμού, μαγνητισμού, χημείας, αστρονομίας και προβολείς. Περιλαμβάνει επίσης καταλόγους εποπτικών μέσων, εγχειρίδια οργάνων και το Αρχείο του Παλαιού Εργαστηρίου, καθώς και παλαιά βιβλία και περιοδικά Φυσικής και Μαθηματικών.
Συλλογή επιστημονικών οργάνων, ορισμένα από τα οποία είναι σπάνια ή πολύ παλαιά, χρονολογούμενα από τις αρχές του 19ου αιώνα, όταν ακόμη λειτουργούσε η Σχολή της Χίου, ένα από τα πρώτα σχολεία του ελληνικού έθνους όπου διδάχθηκε η Πειραματική Φυσική και η Χημεία. Η Σχολή της Χίου αργότερα μετονομάστηκε σε Γυμνάσιον Χίου και σήμερα λειτουργεί ως 1ο Γυμνάσιο Χίου. Στη συλλογή υπάρχουν αρκετά όργανα που χρονολογούνται από το δεύτερο μισό του 19ου αιώνα, ενώ τα περισσότερα έχουν αποκτηθεί πριν από το 1950. Η πλειονότητα των επιστημονικών οργάνων είναι δωρεές παλαιών Χιωτών, ευεργετών και μαθητών του Γυμνασίου και αγοράστηκαν από το Βερολίνο, το Παρίσι και άλλες ευρωπαϊκές πόλεις. Ορισμένα όργανα των αρχών του 20ού αιώνα παραχωρήθηκαν στο Γυμνάσιον Χίου από το Πανεπιστήμιο Αθηνών, στην κατοχή του οποίου περιήλθαν ως αποτέλεσμα των γερμανικών αποζημιώσεων του Α' Παγκοσμίου Πολέμου, ενώ αρκετά προέρχονται από το Υπουργείο Παιδείας. Η συλλογή περιλαμβάνει όργανα γενικής χρήσης, μηχανικής στερεών, μηχανικής ρευστών, μετεωρολογίας, ταλαντώσεων και κυμάτων, θερμότητας, οπτικής, ηλεκτρισμού, μαγνητισμού, χημείας, αστρονομίας και προβολείς. Σχεδόν για όλα υπάρχει τεκμηρίωση.
Το μουσείο περιλαμβάνει 300 τεκμήρια από πορσελάνη Delft, ασήμι ή χρυσό, πίνακες ολλανδικής τέχνης, μικροαντικείμενα, ρολόγια.
Βιογραφικό σηµείωµα Εθελοντής στους Βαλκανικούς πολέµους, συνδέθηκε µε τη βενιζελική παράταξη και το κίνηµα Εθνικής Αµύνης και έλαβε µέρος σε πολλές µάχες στο Μακεδονικό µέτωπο (1917-1918) στον Α΄ Παγκόσµιο Πόλεµο, προαγόµενος πάντοτε επ’ ανδραγαθία. Φρούραρχος Αθήνας (1925) και υπασπιστής του Προέδρου της ∆ηµοκρατίας Π. Κουντουριώτη (1926), έλαβε µέρος στο κίνηµα του Γ. Κονδύλη (Αυγ. 1926) και καταδικάστηκε ως «αρχηγός στάσεως». Αµνηστεύτηκε από την κυβέρνηση Βενιζέλου το 1928 και ονοµάστηκε συνταγµατάρχης εν αποστρατεία. Το Φθινόπωρο του 1941 ίδρυσε µαζί µε άλλους αξιωµατικούς και πολιτικούς παράγοντες τον Ε∆ΕΣ, µε επίτιµο αρχηγό τον εξόριστο στη Γαλλία, στρατηγό Νικ. Πλαστήρα και υπαρχηγό και πολιτικό σύµβουλο τον Κοµνηνό Πυροµάγλου. Ακολούθησε η έξοδος στο βουνό και η συγκρότηση των Eθνικών Oµάδων Ελλήνων Ανταρτών (Ιουλ. 1942). Υποστράτηγος από τον Αύγουστο του 1944, αποστρατεύτηκε µε αίτησή του, το Μάιο του 1945 και έκτοτε ασχολήθηκε µε την πολιτική. Ίδρυσε το Εθνικόν Κόµµα, µε το οποίο εξελέγη βουλευτής Ιωαννίνων το 1946. ∆ιετέλεσε Υπουργός άνευ Χαρτοφυλακίου και Υπουργός ∆ηµοσίας Τάξεως στην κυβέρνηση Μάξιµου το 1947. Το 1950 προσχώρησε στο Κόµµα Φιλελευθέρων και χρηµάτισε υπουργός ∆ηµοσίων Έργων το 1950-1951. Συνοπτική περιγραφή • Μικρό τµήµα του αρχείου του Εθνικού ∆ηµοκρατικού Ελληνικού Στρατού (E∆EΣ) και των Εθνικών Οµάδων Ελλήνων Ανταρτών (πρωτόκολλα εισερχοµένων-εξερχοµένων του Γενικού Αρχηγείου (1942-1943), πρωτόκολλο Β΄ Τάγµατος (1943), κατάλογος ανδρών Α΄ Τάγµατος, πρωτόκολλο απωλειών, βιβλίο ισοζυγίων 1942-1944) • Χειρόγραφο ηµερολόγιο του Nαπολέοντα Zέρβα. (1944) • Πρωτόκολλα εξερχοµένων σηµάτων της βρετανικής αποστολής (Barnes) προς το Aρχηγείο της Mέσης Aνατολής
Συλλογή σπάνιων χαρακτικών που απαθανατίζουν εικόνες από το Ναύπλιο και τις οχυρώσεις του. Η πόλη του Ναυπλίου διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο κατά την περίοδο της Ελληνικής Επανάστασης.
Η συγκεκριμένη επιστημονική συλλογή του Εργαστηρίου Ενάλιας Αρχαολογίας επέχει θέση οπτικού εγχειριδίου εισαγωγής στην Αρχαιολογία των Πλωτών και στην Αρχαιολογία των Θαλασσών των πολιτισμών του Ελλαδικού χώρου. Η σύνθεση βασίζεται στην συστηματική επιλογή όλων των αντιπροσωπευτικών κατηγοριών του σχετικού αρχαιολογικού υλικού, συμπεριλαμβανομένης της πρωϊμότερης ως σήμερα μαρτυρίας την 7η χιλιετία π.Χ. έως τον 20ο αι. μ. Χ. Η συνθετική εποπτεία παρέχει γνωστικό υπόβαθρο στο αντικείμενο της Ενάλιας Αρχαιολογίας, εστιάζοντας στην ναυτική διάσταση του υλικού πολιτισμού μέσα από τις χαρακτηριστικές κατηγορίες που τον συνιστούν. Συγχρόνως παρακολουθείται το πεδίο διεπαφής των τεκμηρίων με τα γεγονότα και τις κομβικές καμπές των ιστορικών χρόνων από την αρχαιότητα έως σήμερα.
"Δύο (2) ναυτικά βιβλία λογαριασμών: 1. ""Βιβλίον εν ω καταχωρώνται αι κατά του εχθρού εκπλεύσεις από καιρόν εις καιρόν του πολεμικού πλοίου Ηρακλής του Κυρίου Χριστοδούλου Κούτζη, τη 15 Μαρτίου 1821 εν Σπέτζαις"" (από 15 Μαρτίου 1821-1 Ιανουαρίου 1829), 2. ""Βιβλίον εν ω καταχωρώνται αι από καιρόν εις καιρόν εκπλεύσεις κατά του εχθρικού στόλου του πολεμικού πλοίου Παγκρατείωνος του Ναυάρχου Σπετζών Κ. Γ. Ανδρούτζου, τω έτει 1821, Μαρτίω α', Σπέτζαις"" (από 5 Μαρτίου 1821-1 Μαΐου 1829). "
Συλλογή ναυτικών και ιστορικών κειμηλίων προερχόμενα κυρίως από Παροπλισμένα πλοία και Ναυτικές Υπηρεσίες του Πολεμικού Ναυτικού, όπως επίσης και από δωρεές ιδιωτών. Η συλλογή περιλαμβάνει θυρεούς, καμπάνες, πλευρικά, οιακοστρόφεια (τιμόνια), σημαίες, σφραγίδες, μετάλλια, πίνακες διατελεσάντων Κυβερνητών – Υπάρχων – Ά Μηχανικών, και προσωπικά αντικείμενα ιστορικής αξίας.
Το μουσείο διαθέτει ναυτική συλλογή που περιλαμβάνει ομοιώματα ιστιοφόρων πλοίων, πλοιογραφίες και θαλασσογραφίες, ναυτικούς χάρτες, ημερολόγια, πυξίδες και φωτογραφίες σχετικές με τη ναυτική παράδοση του Βροντάδου. Επίσης, συγκροτείται αρχείο προφορικών μαρτυριών με τίτλο «Ταξίδια μνήμης στις θάλασσες του κόσμου».