Η Συλλογή περιλαμβάνει τοιχογραφίες ή τμήματά τους τα οποία προέρχονται από κτιστούς τάφους (κιβωτιόσχημους και μακεδονικούς) του 4ου και 3ου αι. π.Χ,. από την πόλη της Θεσσαλονίκης και τα πέριξ, καθώς και από τη Χαλκιδική. Αντιπροσωπευτικό παράδειγμα είναι ο κτιστός κιβωτιόσχημος τοιχογραφημένος τάφος, που προέρχεται από την αρχαία Αίνεια (Νέα Μηχανιώνα) και εκτίθεται στη μόνιμη έκθεση «Ο Χρυσός των Μακεδόνων». Περιλαμβάνει, επίσης, τα σωζόμενα τμήματα τοιχογραφιών από δημόσια κτήρια ρωμαϊκών χρόνων της Θεσσαλονίκης.

Συλλογή αντικειμένων οικοσκευής/καθημερινής χρήσης, παραδοσιακών μουσικών οργάνων, εργαλείων και εξαρτημάτων.

Ψηφιακές απεικονίσεις των τεκμηρίων της συλλογής Τ. Καλογιάννη.

Η δωρεά του Ιωάννη Τρικόγλου έγινε δεκτή από το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο το 1963. Η δωρεά είναι καταλογογραφημένη και μεγάλο μέρος της έχει ψηφιοποιηθεί. Περιλαμβάνει 14.000 τόμους, 1.000 έργα τέχνης (γκραβούρες, πίνακες ζωγραφικής, φωτογραφίες κτλ.) και το προσωπικό του αρχείο. Αξίζει να σημειωθεί ότι πολλοί τόμοι της δωρεάς αποτελούν σπανιότατες εκδόσεις. Το περιεχόμενο των βιβλίων αφορά την ελληνική ιστορία, την αρχαιολογία, τη λαογραφία και τη λογοτεχνία, με ιδιαίτερη βαρύτητα στην Ελληνική Επανάσταση του 1821.

Το Γεωργικό Μουσείο του ΓΠΑ έχει στην κατοχή του τη συλλογή των έργων του Μανώλη Βάθη. Ο καλλιτέχνης Μανώλης Βάθης, ήταν απόφοιτος της Ανωτάτης Γεωπονικής Σχολής Αθηνών, λαμπρός γεωπόνος και σπουδαίος πανεπιστημιακός δάσκαλος.Ένα μεγάλο μέρος του έργου του φιλοτεχνήθηκε για εκπαιδευτικούς σκοπούς, εκ του φυσικού, με γυμνό μάτι ή με χρήση μικροσκοπίου. Πολυάριθμες έγχρωμες εικόνες καρποφόρων δένδρων, κηπευτικών και ανθοκομικών φυτών, καθώς και προπλάσματα καρπών από διάφορες ποικιλίες δένδρων, κοσμούν σήμερα μια ειδική αίθουσα του Εργαστηρίου Δενδροκομίας του ΓΠΑ , η οποία φέρει τιμητικά το όνομα του. Ο Μανώλης Βάθης παρότι αυτοδίδακτος, δημιούργησε μέσα από μόχθο και αναζητήσεις πολλών ετών μια πλειάδα αξιοσημείωτων ζωγραφικών έργων, που θεματικά αφορούν φυτά από την Ελλάδα, αλλά και όλο τον κόσμο.

Συλλογή Υακίνθης Θέμελη, αποτελούμενη από έγγραφα αναφερόμενα κυρίως στη δράση του Φιλικού και αγωνιστή Δημήτριου Θέμελη [εκ των οποίων δύο (2) πρωτότυπες προκηρύξεις του Αλέξανδρου Υψηλάντη].

Η παρούσα συλλογή αποτελείται από ηχογραφήσεις (προφορικό υλικό) και γραπτό υλικό (χειρόγραφα και βιβλία) από τη διάλεκτο της Κάτω Ιταλίας το οποίο συλλέχθηκε στο πλαίσιο του προγράμματος «Καταγραφή και Ανάλυση της Διαλέκτου GRICO της Κάτω Ιταλίας.» (INTERREG II, Μέτρο 5,4 Ευρωπαϊκή Ένωση-Υπουργείο Εθνικής Οικονομίας, Ιανουάριος 2000- Δεκέμβριος 2001,Υπεύθυνη: καθ. Αγγελική Ράλλη).

Η παρούσα συλλογή προφορικού και γραπτού υλικού δημιουργήθηκε στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος «Από το γλωσσικό ιδίωμα των Μεγάρων στο Γλωσσικό ιδίωμα της Π. Αθήνας» (υπεύθυνη καθ. Α. Ράλλη, κωδικός προγράμματος C612).

Συλλογή που περιλαμβάνει κούκλες barbie με παραδοσιακές ενδυμασίες, ενδύματα, αξεσουάρ, υφάσματα, φωτογραφικό υλικό, κεντήματα και άλλα αντικείμενα.

Στη συλλογή ανήκουν αντικείμενα που δόθηκαν στο Ίδρυμα με τη μορφή χρησιδανείου από την Υπηρεσία Φάρων του Πολεμικού Ναυτικού. Συγκεκριμένα εντάσσονται δύο κεφαλές αυτόματου πυρσού αερίου ασετιλίνης, πλήρες περιστροφικό φωτιστικό μηχανισμό φάρου πετρελαίου αποτελούμενο από οπτικό καταδιοπτρικό Φάρου Μαλέα, συστοιχία πετρελαιοδόχου αεροδόχου και βάση στήριξης μηχανισμού περιστροφής οπτικού με υδραργυρολουτρό λεκάνη εδραίωσης οπτικού.

Συλλογή Φαφαλιού: αλληλογραφία, άλμπουμ φωτογραφιών και έντυπο ψήφισμα του Εκκλησιαστικού Συμβουλίου του Ι. Ν. Παναγίας Μουτσαίνης (Βροντάδες Χίου) που αφορά τους δωρητές του ναού.

Η συλλογή αφορά κυρίως στη Μακεδονική συμφωνική ορχήστρα του Δήμου Θεσσαλονίκης και την καλλιτεχνική ζωή των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης. Περιλαμβάνει ψηφιακά αντίγραφα εγγράφων, προσκλήσεων, προγραμμάτων και δημοσιευμάτων για μουσικές εκδηλώσεις.

Αρχείο Ελευθερίου Κ. Βενιζέλου, Αρχείο Σοφοκλή Βενιζέλου, Αρχείο "Οικογένεια Βενιζέλου", Αρχείο Β. Καλαϊτζή - Μουντάκη, Μικρασιατική Εκστρατεία & Καταστροφή, Αρχείο Ιστορικών Προσώπων-Γεγονότων & Τοπίων Κρήτης, Αρχείο "Λεύκωμα Ελευθέριος Βενιζέλος", Αρχείο Β. Καλαϊτζή - Μουντάκη - Λεύκωμα Πρίγκηπα Γεωργίου «Κρήτη».

Συλλογή φωτογραφιών που περιλαμβάνει πληθώρα κατηγοριών με διαφορετικές συλλογές ψηφιακών φωτογραφιών.

Συλλογή φωτογραφιών της περιόδου 1910-1990.