Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα που χρονολογούνται από την Τελική Νεολιθική περίοδο έως την Ύστερη Ρωμαιοκρατία. Τα αντικείμενά της προέρχονται από διάφορες θέσεις, όπως το σπήλαιο του Αγίου Βαρθολομαίου, τον οικισμό της Εποχής του Χαλκού στη Θερμή κ.ά.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα τα οποία χρονολογούνται από την παλαιολιθική έως τη μυκηναϊκή εποχή και προέρχονται από τo σπήλαιo Φράγχθι, καθώς και από τα σημαντικά μυκηναϊκά κέντρα της αργολικής πεδιάδας, τα Δένδρα, την Ασίνη, την Τίρυνθα, τη Μιδέα, και την Πρόσυμνα (Μπερμπάτι), αναδεικνύοντας στοιχεία για το ανακτορικό σύστημα την καθημερινή ζωή και τα ταφικά έθιμα του μυκηναϊκού κόσμου. Επίσης περιλαμβάνονται αντικείμενα των ιστορικών χρόνων, στα οποία ανήκουν εξαιρετικά δείγματα αγγειογραφίας, ειδωλοπλαστικής και κοσμηματοποιίας της γεωμετρικής, αρχαϊκής, κλασικής, ελληνιστικής και ρωμαϊκής περιόδου.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα που καλύπτουν χρονικά μία μεγάλη περίοδο από τους πρωτοελλαδικούς ως τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους. Σε αυτή συγκαταλέγονται ευρήματα από τις ανασκαφές της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών στο ιερό του Διός και στο Στάδιο της Νεμέας, καθώς και από τον παλαιοχριστιανικό οικισμό της αρχαίας πόλης, που περιλάμβανε και βασιλική του πρώιμου 5ου αιώνα π.Χ. Περιλαμβάνονται και ανασκαφικά ευρήματα προϊστορικών χρόνων από την κοιλάδα της Νεμέας (θέσεις Τσούνγκιζα, Αγία Ειρήνη και Πετρί) από ανασκαφές της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών αλλά και της Αρχαιολογική Υπηρεσίας. Ξεχωρίζουν αντικείμενα που σχετίζονται με τα Νέμεα, τοπικούς αθλητικούς αγώνες της αρχαιότητας, καθώς και τα νομίσματα που έφεραν μαζί τους οι επισκέπτες της πόλης, ενώ ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα χρυσά κοσμήματα και άλλα αντικείμενα του 16ου-13ου αιώνα π.Χ. από το νεκροταφείο στη θέση Αηδόνια.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα τα οποία προβάλλουν τον Ιδιωτικό και τον Δημόσιο βίο, καθώς και τα Νεκροταφεία (Νεκρόπολη) των κατοίκων της ευρύτερης περιοχής της Αχαίας και καλύπτουν τη χρονική περίοδο από το 3000 π.Χ. έως τον 4ο αι. μ.Χ.
Η συλλογή περιλαμβάνει αντικείμενα από την αρχαία αγορά της πόλης, το ανάκτορο, τις ιδιωτικές οικίες, τα ιερά και τα νεκροταφεία της, αλλά και ευρήματα από τους προϊστορικούς οικισμούς και τα νεκροταφεία της ευρύτερης περιοχής.
Η συλλογή του μουσείου περιλαμβάνει ευρήματα από την πρωτοελλαδική εγκατάσταση στον Κάβο Βασίλη Πόρου, τους μυκηναϊκούς θολωτούς και θαλαμοειδείς τάφους στον Γαλατά, το μυκηναϊκό ιερό στον Αγ. Κωνσταντίνο Μεθάνων και τη μυκηναϊκή εγκατάσταση στη βραχονησίδα Μόδι. Επίσης εκτίθενται ευρήματα από την πόλη, τα ιερά και τα νεκροταφεία της αρχαίας Τροιζήνας, από το ιερό του Ποσειδώνος στην αρχαία Καλαύρεια (Πόρος), καθώς και από την ευρύτερη περιοχή της Τροιζηνίας (Γαλατάς, Καλλονή, Μέθανα), αλλά και από την Ερμιόνη.
Η συλλογή περιλαμβάνει αρχαιολογικά ευρήματα από την αγορά της αρχαίας Σικυώνας και τις γύρω περιοχές όπου παρουσιάζονται διάφορες πτυχές της δημόσιας και ιδιωτικής ζωής των αρχαίων Σικυωνίων καθώς και ευρήματα από τη πόλη Στύμφαλο, την πόλη Πελλήνη και το Σπήλαιο των Πιτσών. Το σύνολο των ευρημάτων χρονολογείται από τη μυκηναϊκή έως και τη Βυζαντινή περίοδο.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από το νησί τα οποία χρονολογούνται από τους πρωτοελλαδικούς έως τους ρωμαϊκούς χρόνους.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από την αρχαία Τανάγρα, μία από τις σπουδαιότερες πόλεις της Βοιωτίας κατά την αρχαιότητα. Τα αντικείμενά της χρονολογούνται από τη μυκηναϊκή έως τη ρωμαϊκή περίοδο. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι "Ταναγραίες", μικρές πήλινες γυναικείες μορφές σε κομψές διαστάσεις, ενδεδυμένες με χιτώνα και ιμάτιο, που βρέθηκαν κατά εκατοντάδες σε τάφους του ελληνιστικού νεκροταφείου της Τανάγρας (4ος/3ος αι. π.Χ.-1ος αι. μ.Χ.)
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από την Τεγέα τα οποία χρονολογούνται από τους προϊστορικούς μέχρι τους Ύστερους Ρωμαϊκούς χρόνους. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα αντικείμενα που σχετίζονται με το ιερό της Αθηνάς Αλέας, ένα από τα πιο φημισμένα πελοποννησιακά ιερά.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από διάφορες περιοχές του νησιού, που χρονολογούνται από τη μυκηναϊκή περίοδο ως τους ρωμαϊκούς χρόνους. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν τα ευρήματα από τα δύο μεγάλα ιερά της Τήνου, το ιερό της Δήμητρας στο Ξώμπουργο και το ιερό του Ποσειδώνα και της Αμφιτρίτης στα Κιόνα.
Το μουσείο στεγάζει γλυπτά, ψηφιδωτά και αγγεία που βρέθηκαν κατά τις ανασκαφές στo Aσκληπιείο της Αρχαίας Φενεού, με προεξέχουσα την κολοσσική κεφαλή ακρόλιθου αγάλματος της Θεάς Υγείας.
Τα ευρήματα της συλλογής προέρχονται από ανασκαφές της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, της Αρχαιολογικής Εταιρείας, του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και της Γαλλικής Αρχαιολογικής Σχολής. Μέσα από τα αντικείμενα παρουσιάζεται η ιστορική διαδρομή των Φιλίππων, πόλης συνδεδεμένης με ιστορικές προσωπικότητες, όπως ο Φίλιππος Β΄, ο Οκτάβιος Αύγουστος και ο Απόστολος Παύλος, από την ίδρυσή της (4ος αι. π.Χ.) ως την ερήμωσή της (14ος αι. μ.Χ)
Η συλλογή περιλαμβάνει γλυπτά από τη Λιβαδειά και τη Χαιρώνεια (Κυβέλη, Δήμητρα, πορτραίτο αυτοκράτορα Αδριανού, Αθηνά Κραναία, λίθινη σφαίρα με ανάγλυφες μορφές Ηλίου και Σελήνης), κεραμική από προϊστορικές και ιστορικές θέσεις στην περιοχή της Χαιρώνειας, την Ελάτεια, τον Ορχομενό, τον Έξαρχο και τους Αγίους Θεοδώρους της Αντίκυρας, τεμάχια τοιχογραφιών μυκηναϊκών χρόνων από τον Ορχομενό, νομίσματα και όπλα από τον τύμβο των Μακεδόνων και το πολυάνδριο των Θηβαίων στη Χαιρώνεια. Τα τελευταία χρόνια η συλλογή του Μουσείου έχει εμπλουτιστεί με τα ευρήματα των ανασκαφών της Εφορείας στον Ορχομενό, τη Λιβαδειά, το Βοιωτικό Κηφισό (εκτεταμένο νεκροταφείο αρχαϊκών χρόνων) και τη Χαιρώνεια (ρωμαϊκές αγροικίες, τάφοι των κλασικών και ελληνιστικών χρόνων). Στον περίβολο του Μουσείου υπάρχει συσσωρευμένο πλήθος επιγραφών και επιτυμβίων στηλών, αρχιτεκτονικά μέλη από μεγάλα ναϊκά οικοδομήματα και βάθρα από τη Χαιρώνεια, τη Λιβαδειά, την Ελάτεια, την Κορώνεια, τη Δαύλεια, τον Άγιο Βλάσιο και το Δίστομο.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από ολόκληρη την Εύβοια (Χαλκίδα, Μάνικα, Αλιβέρι, Νέα Αρτάκη, Ερέτρια, Αιδηψό, Νέα Λάμψακο κ.ά), τα οποία αποτυπώνουν την ιστορική, κοινωνική και πολιτική εξέλιξη του νησιού από την παλαιολιθική περίοδο, οπότε και κατοικήθηκε, ως τα ύστερα ρωμαϊκά χρόνια.